旗津媽祖源起清朝康熙十二年（1673），為護佑漁戶行船平安而由原鄉迎奉來臺，350年來一路見證旗津從明清時期的小漁村，發展成日治時期洋行聚集的商貿集市，再轉變為今日的造船工業中心以及高雄必遊的觀光景點。

從文獻記載的旗津聚落開發史來看，旗津天后宮為高雄地區最早祭祀媽祖的廟宇，也是臺灣本島最早祭祀媽祖的廟宇之一。民國74年經內政部公告為國家第三級古蹟，是當時原高雄市唯一指定古蹟的廟宇，後因應文資法修訂改稱為市定古蹟迄今。

旗津天后宮歷史悠久，創建以來至清朝乾隆年間起，歷經光緒十三年、大正十五年、民國37年、民國110年，四次大規模重修，每一階段都致力保存廟宇文化、彰顯地方信仰記憶，對於古蹟維護、宗教藝術推廣等活動亦積極參與，為促進文化資產認同作出貢獻。

2022年配合鎮殿媽祖開光啟靈，舉辦高雄獨有的水陸並行「過港祈福」平安繞境活動，路徑涵蓋第一港口、第二港口、前鎮、鼓山漁港、旗津全島等水域及陸域。

2023癸卯年，正好是旗津天后宮開基以來的第350年，經媽祖答允，將舉行五朝祈安清醮大典，而與上一次的建醮相隔七十二年（1951辛卯年）同為兔年，祈求媽祖保祐合境平安，風調雨順、萬事如意。